南开区疾病预防控制中心（原名天津市南开区卫生防病站）始建于1953年，是南开区卫生健康委员会所属的承担全区疾病预防控制、公共卫生检测技术服务的专业机构，1954年更名为南开区卫生防疫站。1984年更名为南开区卫生防病站。2009年更名为南开区疾病预防控制中心。自2020年11月1日正式搬迁至红旗南路263号C座。于2023年12月整合区疾控中心（健康教育中心）和区卫生计生综合监督所职责，重新组建区疾病预防控制中心（区卫生监督所），由区疾病预防控制局管理。