全运会期间，三中心医院作为全运村医疗保障机构，将为全运村约18000名运动员、技术官员、媒体记者提供专业、热情、周到、贴心、优质的医疗技术保障。
　　为保障全运会间全体服务人员的高效、优质诊疗服务，三中心医院制定了各专业医疗保障人员的岗位职责和工作制度。为有效应对突发公共事件及传染病，该院设立全运村应急指挥小组及院内应急指挥小组，制定了消防应急预案、突发中毒事件卫生应急预案、群发伤事件应急预案、停水停电应急预案及流程图。此外，还建立了包括医疗保障会诊管理制度、全运村医疗保障绿色通道工作制度、全运村医疗保障值班制度及交接班制度、含兴奋剂药品管理制度、消毒隔离制度、重大事件上报制度在内的十余项制度以保障医疗服务任务的实施及高效运行。
　　结合全运村的保障任务，三中心医院制定了优化便捷的全运村就诊流程、120出诊流程，转运患者标准及转运流程表。为保证全运村急危重病人有效及时就诊及处置，特建立了快速、高效的服务系统，即建立“三中心应急绿色通道”，包括急诊、抢救室、手术室、ICU、药房、输血科、检验科和影像检查及财务科等在内的一个快速、有效、先救治后付费的急救医疗体系。同时设置院内接诊绿色通道，在三中心门急诊、收费、取药处设置全运会服务窗口，张贴标识，院内设立全运会指定诊室，配备专家就诊。
　　随着8月16日、20日三村陆续开村，三中心医院驻三村医疗服务站也全部接诊。